医疗设备中使用的医疗器械和外科器械大多为耐热材料，因此需要加热，主要是蒸汽消毒。然而，自1950年以来，由塑料等需要低温灭菌的材料制成的医疗设备和器械的数量有所增加。自20世纪50年代以来，环氧乙烷就被用于热敏和湿敏医疗器械。在过去的15年里，一些新的低温灭菌系统(如过氧化氢气体等离子体、过氧乙酸浸泡、臭氧)被开发出来并用于医疗设备的灭菌。

灭菌消除了物品表面或液体中的所有微生物，以防止与使用有关的疾病的传播。虽然使用未充分消毒的关键物品是病原体传播的高风险，但有记录的与未充分消毒的关键物品相关的病原体传播极为罕见。这可能是由于卫生保健设备中使用的灭菌过程具有广泛的安全性。什么是“无菌”的概念是衡量的概率无菌为每一次绝育。该概率通常被称为产品的无菌保证水平(SAL)，定义为产品灭菌后单个活菌发生的概率。

接触无菌身体组织或液体的医疗设备被认为是重要的。这些物品在使用时应消毒，因为任何微生物污染都可能导致疾病的传播。这些物品包括手术器械、活组织检查钳和植入的医疗设备。如果这些物品是耐热的，推荐的灭菌过程是蒸汽灭菌，因为它的可靠性，一致性和致命性是安全保证。然而，对热湿敏感物品的再处理需要使用低温杀菌技术(如环氧乙烷、过氧化氢气体等)。